На первом месте стоял князь Иван Мстиславский, славный по знатности рода между придворными. Но его ограниченные способности и робкий характер ясно доказывали, что это не его было дело. За ним следовали потомки удельных князей Шуйских. Они потеряли удел в борьбе с великими князьями, сражались против Москвы под Новгородскими знаменами и, когда Новгород пал, перешли в ряды бояр московских. Здесь Шуйские не забыли своей старинной знатности и в малолетство Иоанна Четвертого успели достигнуть первенства между московскими сановниками. Иоанн смирил их потом, как и все именитое в старой Руси; но, по его смерти, их наследственный непокорный дух ожил с новою силою, и в эпоху смут, наступивших с воцарением Бориса Годунова, Шуйские являются на театре истории то тайными, то явными, но всегда самыми предприимчивыми, самыми стойкими действователями. На них-то пала подозрительность Годунова. Он не имел еще средств дать им почувствовать свою силу, но, зная наверное, что будут новые на него покушения, готовился к противодействию.
Между тем власть его в государстве возросла. В прежнее царствование он был любимым человеком грозного государя, но сила его между вельможами заключалась только в умственном превосходстве да в тайном страхе, какой внушал он каждому своим хитрым и мстительным характером. Теперь он вдруг взошел и титлом и богатством на возможно высокую ступень в государстве. После венчания, Фёдор дал ему древний, высокий сан конюшего и титло ближнего великого боярина и наместника царств Казанского и Астраханского, а предоставленные ему доходы с областей составляли, вместе с особым денежным жалованьем, такое богатство, какого, по замечанию Карамзина, от начала России до наших времен не имел ни один вельможа. Испуганный мятежом, Фёдор вручил ему безответственную власть в управлении царством, и Бориса Годунова называли правителем не только в отечестве, но и в иностранных государствах. Годунов теперь без труда привлек на свою сторону, по крайней мере наружно, искуснейших людей государственных, дьяков Щелкаловых, а для связи с старыми родами, подружился с именитейшим по происхождению боярином, князем Иваном Мстиславским.
Шуйские, с своей стороны, опирались на приверженность многих фамилий княжеских и дворянских, на любовь простолюдинов и на дружбу митрополита Дионисия, естественно имевшего великое влияние на Фёдора; однакож боялись действовать прямо и зашли с той стороны, с которой Годунов меньше всего ожидал опасности: решились действовать от имени сановитого и почетного на Москве князя, Ивана Мстиславского. Мстиславский был самый несчастный простак, клонившийся на все стороны. Ласкает его Годунов — он радуется своему почету у самовластного правителя; Шуйские говорят ему о родовом старшинстве — он верит, что ему легко достигнуть в государстве старшинства действительного. От природы Мстиславский не был зол и коварен подобно Шуйским, но события Иоаннова царствования притупили в нем, как и во многих других боярах, отвращение к убийствам. Долго колеблясь между робостью и тщеславием (ибо голос человеческого достоинства говорил тогда редко сильнее этих чувств), старик наконец положился на могущество партии Шуйских и обещал, чего от него требовали: в назначенный день позвать Годунова на пир и предать убийцам. Годунов открыл заговор и надеялся разом отделаться от своих противников, но должен был ограничиться насильственным пострижением в монахи бедного старика Ивана Мстиславского, ссылкою в дальние места Воротынских, Головиных и заточением в темницы других заговорщиков; Шуйских же, при всей своей силе, на сей раз, без явных доказательств, коснуться не осмелился.
Это возвысило их в глазах приверженцев, гостей и черных людей московских, которым было известно, как усердно Шуйские хлопотали о гибели Годунова, готовя бунт против Бельского, и какое участие принимали они в разрушенном заговоре Мстиславского. Торговые люди стали смелее поговаривать, «что не долго, де, татарский выродок повеличается перед исконными князьями Шуйскими. Их смелость сообщилась другим слоям общества. Удачный опыт недавнего бунта ободрил чернь, сильную многочисленностью. Видя верховную власть в руках согражданина, а не царя, она не признавала её законности. Угрозы в домах, в кабаках, на улицах и площадях сделались до того открытыми и дерзкими, что сам митрополит Дионисий ужаснулся и поспешил предупредить новую бурю миротворством. Он умел найти для Шуйских достаточные выгоды в согласии, хотя на время, с могущественным царским шурином; а Годунов рад был этому средству разрознить единодушие простонародья и купцов с старой аристократией. Торговые московские люди явились в этом случае сословием деятельным и неустрашимым. У митрополита идет мировая, а они собрались нетерпеливою толпою около Грановитой Палаты и ждут, чем кончится дело. Они вовсе не желают мира; они боятся, чтоб он не состоялся. В борьбе с Годуновым надежда обещает им успех, а примирение с ним Шуйских угрожает им, с его стороны, местью. Поэтому-то, когда князь Иван Шуйский вышел объявить им радостную весть, мертвое молчание толпы было ему ответом, а два гостиннодворца не утерпели, вышли вперед и сказали смело: «Помирились вы нашими головами! И вам, князь Иван Петрович, от Бориса пропасть, и нам погибнуть!»
Опасения торговых людей оправдались. Годунов не замедлил воспользоваться разъединением своих врагов. Привлекши на свою сторону аристократию, он в ту же ночь схватил двух смельчаков-гостиннодворцев и запроторил их без вести. Знал он, как это огорчит Шуйских, но рассчитывал, что не вдруг же они снова разгорячат охладевшую к ним толпу. Шуйские поняли тогда, что Годунова перехитрить трудно и что легче сломить его делом отважным и решительным. Злоба внушила им самое надежное к тому средство. Вместе с митрополитом Дионисием, у которого были свои неудовольствия на Годунова, они составили от лица всего народа челобитную, в которой все сословия, устрашенные будто бы мыслью, что бесплодие царицы Ирины угрожает отечеству прекращением Рюрикова дома, торжественно просят Фёдора развестись с нею, отпустить в монастырь и взять другую супругу, чтоб иметь наследника престола, для общего спокойствия. Начали собирать подписи, а между тем волновали чернь, чтоб устрашить Фёдора и заставить его на все согласиться. Но медленность и некоторая гласность, неизбежные при таком деле, дали Годунову время принять свои меры. Суд о разводе зависел от митрополита. Годунов спешит в палаты к Дионисию и употребляет в дело все, что мог внушить ему, как духовному хранителю народного спокойствия, и все, чем искушаются люди со стороны честолюбия. Видеть в своей келье самовластного правителя государства с мольбою о спасении, обязать такого человека в столь трудное для него время и обладать средством привести снова его в такое положение — в уме Дионисия это значило, что отныне он разделит с Годуновым поровну верховное господство над государством. Годунов видел его насквозь со всеми его поползновениями, и, наружно перед ним унижаясь, внутренно торжествовал над ним и изрекал роковой приговор ему и его сообщникам.