Лишь только слухи о разводе стихли, нашелся доносчик на князей Шуйских, что они в заговоре с московскими купцами и думают изменить царю, — доносчик ничтожный, слуга самих же обвиняемых, но его извету поверили и немедленно взяли под стражу главных представителей фамилии Шуйских, вместе с друзьми их, князьями Татевыми, Колычевыми, Урусовыми, Быкасовыми, вместе со многими дворянами и богатыми купцами. Нельзя было, однакож, употребить законной строгости с Шуйскими, и потому придуманы средства беззаконные. Сделали вид, будто бы из уважения к заслугам щадят князя Ивана Петровича, знаменитого защитника Пскова против Батория, и отправили его на Белоозеро, а князя Андрея Ивановича, по тому ж милосердию, — в Каргополь; но оба были тайно удавлены. Старший из них, Василий Фёдорович Скопин-Шуйский, видно, сам по себе казался неопасным: ему позволили жить в Москве, но отобрали Каргопольское наместничество. Прочих взятых под стражу также разослали по дальним городам, а купцам, для острастки московской черни, всенародно отрубили головы. Митрополит Дионисий сам ускорил свое падение. В порыве огорчения за друзей своих, он не размыслил, что Годунову ничего нельзя сделать посредством царя, которого слабое существование было подобно постоянной дремоте; волнение души преувеличило в понятии Дионисия силу влияния речей его на Фёдора, который доверчиво принимал всякое убеждение своего любимца. Дионисий забыл, что Годунов, как всемогущий дух, давно уже владеет волею и всеми помышлениями уединенного властителя; вместе с своим товарищем, Крутицким архиепископом Варлаамом, явился он в царские палаты и смело изъяснил царю поступки Годунова, беззаконные и опасные для государства. Царь слушал его, покачивая в удивлении головою, и может быть, уже в ту самую минуту в его набожном сокрушении (вместо ожидаемого негодования) Дионисий и Варлаам прочли свою участь. Едва они удалились, Годунов рассеял скорбь его и внушил ему, что эти изветники — не пастыри церкви, а волки хищные в одежде овечьей. Дионисия и Варлаама схватили в тот же день, лишили сана и заточили в дальние монастыри. На первосвятительский престол возведен был Иов, смиренный богомолец, устремлявший все свое внимание на исправление духовенства и на церковное благолепие. Он представлял противоположность Дионисию, гордому своими познаниями, высокомерному умом, пылкому сердцем, и Годунов, облекши его в высший духовный сан, надеялся сделать из него послушное себе орудие, что и подтвердилось отчасти дальнейшими событиями.
Чем больше возвышался Борис Годунов в государстве, тем больше обнаруживал правительственной деятельности: составлялись описи земель; населялись пустыни; пограничные места укреплялись новыми городами ; суд и расправа заметно улучшились. Имя Бориса Федоровича Годунова было в устах народа чаще всякого имени. Здесь его славили за решение судебного дела без проволочки, за оправдание бедняка в тяжбе с богачом, за осуждение родственника и ближнего человека по жалобе простолюдина; в другом месте построенные на счет казны, без отягощения жителей, гостинные дворы, городские стены и общественные здания производили в народе самые выгодные о нем толки. Даже в переговорах с иноземными государями и министрами московские послы величали его начальным человеком в России, говорили, что вся земля от государя ему приказана и что никогда еще такого мудрого правления в ней не бывало.
В 1589 году, Фёдор, по внушению своего любимца, учредил в России патриаршество. Церковь Русская, с самого своего основания, была под управлением одного митрополита; теперь митрополитов поставлено в России четыре и к ним шесть архиепископов, под высшею властью Иова, патриарха московского и всея России. Умножив и возвыся таким образом духовных сановников, Годунов приобрел в них, на всякий случай, крепкую себе опору.
Сановники светские и потомки знаменитых древних родов, из личных выгод, теснились вокруг него усердною толпою. Без сомнения, некоторые из них, например, Шуйские, таили в душе желание и надежду отмстить ему за братьев и друзей; но благоразумие, заставляло их до времни скрывать свои чувства: «на всех людей, говорит летопись, нашел страх и все стали ему покоряться и во всем творить его волю.» Была, притом же, еще одна причина согласию аристократов с Годуновым. Уже шесть лет Фёдор царствовал; слабость здоровья не обещала ему долголетия, а детей у него не было. Умри Фёдор сегодня, — завтра провозгласят царем Угличского Дмитрия; а известно, что, по смерти Иоанна IV, Шуйские с товарищами были, равно как и Годуновы, противниками Дмитриевой партии и что Дмитрий был удален в Углич советом всех начальнейших российских вельмож. Молодой царевич воспитывался в мрачном Угличском дворце, похожем на монашескую обитель, вдали от брата, вдали от столицы. Ему было уже около девяти лет. Мать и дяди его, Нагие, внушали ему свою ненависть к московскому правительству, толковали об ожидающем его престоле, призывали даже ворожеи к царевичу, чтоб узнать, долго ли жить Фёдору . Ходили слухи, что резвый мальчик часто хвалился перед дворцовыми слугами, как он отомстит своим гонителям, и что однажды, слепив вместе с другими детьми из снегу несколько человеческих фигур, назвал их именами придворных и начал рубить саблею: одному отсек голову, другому руку, третьяго пронзил насквозь, говоря будто бы: «Так будет им в мое царство!»