Не известно, теперь ли родилась в уме Бориса Годунова мысль об обладании московским престолом, или уже и прежде она управляла его действиями; но с этого времени царственное величие очевидно сделалось его целью. Фёдор болел, дряхлел и видимо приближался к смерти; право на престол переходило после него к родственникам его, Рюриковичам, Гедиминовичам, Романовым; а кто бы из них ни воцарился, падение временщика было неизбежно. Значит, уже не одно безграничное властолюбие, но и самая заботливость о личной безопасности указывала ему, в чем искать необоримой для завистников опоры. Нужно было только устранить соискателей престола и возвысить свое право над ними. Предусмотрительный ум ясно представил Борису положение властей в безгосударное время. Начальным человеком делался тогда патриарх, и как, по недостатку прямого наследника, предстояло избрание на царство, то первый и сильнейший голос в этом избрании принадлежал ему. Борису нужно было только заставить Фёдора завещать престол царице Ирине, или по крайней мере уверить в том верховную думу . При содействии царского душеприказчика, Иова, легко было и этого достигнуть.
Но посреди таких соображений и мечтаний о венце Мономаховом, ропот народа на злодейства в Угличе и на неправды верховного правительства напомнил Годунову о самой сильной партии в безгосударное время . Скоро представился ему случай расположить к себе и эту партию. В отсутствие Фёдора, отправившегося в Троицкий поход , загорелась Москва. Пожар взялся с Колымажного двора и в несколько часов истребил улицы: — Арбатскую, Никитскую, Тверскую, Петровскую до Трубы, весь Белый-город, а потом Посольский двор, Стрелецкие слободы и все Занеглинье, так что уцелели только Кремль и Китай-город, где жило знатное дворянство. Столица превратилась в обширное пепелище. Народ был в отчаяньи; целые толпы бежали на Троицкую дорогу — встретить Фёдора и просить помощи. Годунов является посреди шумных сборищ, выслушивает жалобы, изъявляет участие, обещает всем немедленную помощь. В самом деле никто не остался без пособия. Одни получили из казны деньги, другим даны льготные грамоты; по воле Годунова, выстроены государскими плотниками целые улицы; Москва явилась из-под пепла в новой красе, и народ, успокоенный, облагодетельствованный, не знал Годунову цены.
Русские и иноземные писатели повторяют молву, будто Годунов сам зажег столицу, чтоб обратить мысли каждого к собственному горю и заглушить толки о смерти Дмитрия. Но современные летописцы-иноки почти все были недоброжелатели Борисовы, а иностранцы описывали московские происшествия до 1600 года, основываясь на народной молве . Не щадить соперников на пути к возвышению свойственно многим честолюбцам, но играть людьми бессовестно до такой степени решаются немногие злодеи. Гораздо вероятнее, что московский пожар так же мало зависел от Годунова, как и последовавшее за ним нашествие татар , в котором также его обвиняли.
Летом 1591 года Крымский хан Казы-Гирей неожиданно вторгнулся в Московское государство. Главное войско царское стояло на шведских границах, и дикая орда проникла до самой Москвы, гоня перед собой сторожевых казаков и легкую дружину боярских детей, наскоро собранных для первого удара. Но за две версты от Москвы, между Калужскою и Тульскою дорогами, против Даниловского монастыря, встретило ее сильное войско, составленное из берегового ополчения, из московских ратников, вооруженных граждан, знатных дворян и боярских детей. Оно прикрывалось пушками, расставленными по новым деревянным стенам на Замоскворечьи, и подвижным гуляй-городком из досок, двигавшимся на колесах. Годунов явился в стан в богатых латах, под великокняжеским знаменем, в сопровождении дворян и телохранителей, неразлучных дотоле с царскою особою. Фёдор заключился с царицею и духовником, для молитвы, в уединенной палатке и предоставил правителю действовать своим именем. Но Борис нашел выгодным уступить главное начальство над войском старшему боярину, князю Федору Мстиславскому, сыну простодушного заговорщика князя Ивана, сам удовольствовался вторым местом, окружил себя шестью опытнейшими советниками (в числе которых был и оружничий Богдан Бельский, возвращенный им из ссылки) и действовал неутомимо. Днем и ночью видели его в разных концах укрепления. Пользуясь умно чужою опытностью, Борис явился искусным военачальником даже в глазах старых воинов. Распущенная им молва, что хана заманили под Москву с умыслом, поселила везде уверенность в победе; передовые толпы татар встречены были мужественно, и, когда хан с главным войском подошел к месту битвы и остановился на горах села Воробьева, Москва блестела перед ним за тучами пушечного и ружейного дыма, а широкая равнина перед городом вся была покрыта сражающимися. Грохот пушек не умолкал и с заходом солнца. Все городские стены и монастырские ограды обозначались в ночной темноте непрерывным блеском выстрелов, как золотыми ореолами. К утру хан получил ложное известие, что в Москву пришла свежая рать от шведского пограничья, и бежал, не ожидая общего нападения. При торжествующем звоне колоколов, Годунов и Мстиславский выступили за ним в погоню. Хан только и рассчитывал на отсутствие главного войска; ошибшись, как ему показалось, в рассчете, он опрометью кинулся в свои степи, бросая по дороге добычу, и прискакал в Бахчисарай на тележке, тяжело раненный.
Воротясь из похода, Годунов получил с царского плеча русскую шубу с золотыми пуговицами в 5 тысяч нынешних рублей серебром, золотой мамаевский сосуд, добытый на славном Куликовом поле, и три города Важской области в потомственное владение; сверх того Фёдор снял с себя золотую цепь, надел на Бориса и дал ему высокое титло слуги, которое в течение века носили только три сановника, за величайшие заслуги пред царем и отечеством. Князь Федор Мстиславский получил также с царского плеча шубу, кубок, золотую чарку и пригород Кашин с уездом. Еще до возвращения в Москву, посланы от царя этим двум воеводам, для ношения на рукавах, или шапках, вместо медалей, португальские золотые, а другим корабельники и червонцы венгерские. Теперь все воеводы, головы, дворяне и боярские дети были награждены — кто шубами, сосудами, вотчинами, поместьями, — кто деньгами, кусками разных дорогих тканей, соболями и куницами, а стрельцы и казаки тафтами, сукнами и деньгами. Никто не остался без награды. Войско радовалось и славило Годунова, которому приписана была вся честь победы.