Подобные слухи, при всей своей ничтожности, тревожили в Москве начальнейших людей. Решено было освободиться от опасного царевича насильственною мерою. Не известно, всех ли приверженцев Бориса Годунова должно упрекать в этом ужасном замысле наравне с ним, только убийство очевидно было задумано в Москве. Выполнить его поручено было дьяку Михаилу Битяговскому, по словам летописи, человеку лютому и зверообразному. Михайло Битяговский, определенный к должности дворецкого при Угличском царевиче, нашел средства согласить на кровавое свое дело брата своего Данила, племянника Качалова, мамку царевича боярыню Волохову и её брата Осипа. Они условились сложить беду на падучую болезнь царевича, о которой распространились в Угличе слухи, да и в самой столице, и выжидали только удобной минуты для свершения ужасного своего предприятия. Однажды, в майское утро, мамка вывела царевича на крыльцо. Тут один из убийц, взяв его за руку, спросил: «У тебя, государь, новое ожерелье?» — «Нет, старое», отвечал царевич, приподняв голову. В эту минуту сверкнул в руке убийцы нож; но удар по горлу был неверен. Крик показавшейся в дверях кормилицы испугал злодея; он бросил нож и убежал. Но двое других убийц вырвали несчастного царевича из рук кормилицы, зарезали и быстро скрылись. Мать прибежала на шум, но уже поздно: бездыханное тело сына, как-будто оживленное её воплем, затрепетало последним трепетом. Вслед затем явились дяди царевича, Нагие, и велели бить в набат. Гонцы поскакали по всем улицам, от ворот к воротам: «Чего стоите? царя у вас нет!» говорили они жителям, выскакивавшим на громкий стук их. Страшная весть облетела Углич в одну минуту; каждый спешит на царевичев двор. Там отчаянная мать с братом своим, Михайлом Нагим, терзают предательницу мамку, приговаривая: «Твой брат зарезал его с Битяговским!» По обвинению царицы, народ отыскивает убийц, влечет на место преступления и вместе с виновными убивает многих невинных. Раздраженная толпа излила свою ярость даже на слуг, изъявлявших жалость к господам своим. Холоп Волохова пал на него и хотел защитить своим телом, — оба лишены жизни вместе. Другой, видя свою госпожу, мамку царевича, с распущенными седыми волосами (великий срам по тогдашним понятиям), прикрыл ее своею шапкою, — в ту же минуту его убили. Но страсти наконец успокоились, и Нагие вместе с Угличанами ужаснулись последствия стольких убийств без суда законного. Написали донесение к царю, отправили в Москву гонца, а между тем постарались дать убитым Битяговским с товарищами вид вооруженных разбойников. Одним вложили в руку обагренные куриною кровью ножи, на других бросили железные палицы, сабли, самопалы и оставили в ожидании суда из Москвы; а тело царевича Дмитрия положили во гроб и поставили в соборной церкви.
В Москве давно ожидали этого известия. Гонца к царю не допустили, переписали грамоту по-своему, объяснили смерть Дмитрия падучею болезнью, и Борис Годунов взял на себя уведомить Фёдора о горестном событии. Благочестивый царь долго плакал, не говоря ни слова, и изъявил согласие на предложение Бориса — для погребения царевича и исследования дела отправить в Углич митрополита Геласия, князя Василия Ивановича Шуйского и окольничего Клешнина. Не удивительно, что Годунов выбрал в эту опасную для него комиссию митрополита Геласия: Геласий был обязан ему своим возвышением. Не удивителен и выбор Клешнина: он был один из деятельнейших злоумышленников против Дмитрия. Но выбору Шуйского многие дивились: с этим именем каждый привык соединять ненависть к Годунову. Никто не подозревал, что этого-то и хотелось дальновидному крамольнику. Он предвидел, что смерть царевича припишется ему, и, в доказательство совершенной своей неповинности, избрал в следственные судьи своего старинного врага. Народу не известны были узы, связывавшие аристократическую партию в союз против Дмитрия; не легко также было понять ему и стесненное положение Шуйского между двумя товарищами, усердными клевретами Годунова: когда Шуйский, сам Шуйский, вместе с другими привез из Углича подтверждение истории о падучей болезни царевича, это зажало рты многим обвинителям Годунова. Но что мог Шуйский сделать, если б и желал, когда в Угличе толпа людей — одни из страха, другие из угодливости сильным — засвидетельствовала, что царевич сам накололся ножом? И мог ли он повредить Борису Годунову, когда против его внушений Фёдору не устоял и сам Дионисий, глава духовенства?
Патриарх Иов, которому Фёдор передал на верховный суд донесение членов комиссии Угличской, мог бы, казалось, обличить несправедливость следственного дела. Но, вместо улики, он основался на этом донесении и объявил на соборе пред царем, что «смерть царевича Дмитрия учинилась судом Божиим и что Михайло Нагой государевых приказных людей Битяговских и других велел побить напрасно, из личной злобы, за усердие их к государю. За столь великую измену, продолжал Иов, Михайло Нагой с братьями и углицкие мужики заслуживают всякого наказания; но это дело земское, зависящее от гнева и милости государя, а наша обязанность молиться о тишине междоусобной брани.» Как слабый человек, Иов не смел противостать могуществу лукавых царедворцев; но как ревностный христианин, он, по собственным словам, «много болезновал» об обстоятельствах, которым должен был покоряться. Доказательством его сознания неправды в Угличском деле служит одно уже то, что, описывая подробно царствование Фёдора, он не сказал ни слова о смерти царевича Дмитрия. Угрызения совести слабодушного пастыря церкви были конечно тем жесточе, что Фёдор, основавшись на его мнении, поручил суд над «виновными» боярам; а те, чтоб скрыть концы, разослали всех Нагих по темницам в отдаленные города, несчастную царицу, мать Дмитрия, заставили постричь в монахини и отправили в дикую пустыню св. Николая на Выске (близ Череповца), около двухсот угличан, обвиненных в убиении невинных, казнили смертью, многим отрезали языки, многих заточили, большую часть вывели в Сибирь и населили ими город Пелым. Так погиб царевич Дмитрий с удельным своим городом; но имя его послужило в последствии орудием самого необыкновенного мщения человеческого и небесного над виновниками его смерти.